La Schola Ars Poliphonica de Santander fue fundada en 1988 por varios antiguos componentes de la Escolanía Santo Domingo Savio de Santander. Tras un período inicial dedicado a la formación de repertorio comienza a dar conciertos en la ciudad de Santander y en otras localidades de la Comunidad Autónoma de Cantabria. Estas actuaciones iniciales le sirven para obtener cierto prestigio y situarse rápidamente entre las agrupaciones más destacadas en el panorama musical de Cantabria. Muy pronto este prestigio alcanza otras ciudades, y el coro es reclamado para actuar en Madrid (Basílica de Ntra. Señora de Atocha) y Salamanca.

   En 1993 la Schola Ars Poliphonica da sus primeros conciertos fuera de España. En Diciembre de ese año el Freiburger Domsingknaben invitó a esta agrupación para que ofreciera varios conciertos que tuvieron lugar en la Catedral de Friburgo (Alemania) y en la Iglesia de Santa Bárbara de la misma ciudad.

En 1995 el coro realiza varias actuaciones en Roma. De entre ellas podemos destacar la que se ofreció en la Plaza de España en un acto presidido por el papa Juan Pablo II, que fue seguido en el lugar por unas 30.000 personas, y que se retransmitió en directo por la televisión italiana RAI 2. Este acto, que se celebra anualmente, consistió en la ofrenda floral ante la imagen de la Inmaculada, y sirvió como conmemoración del 30º aniversario de la clausura del Concilio Vaticano II. Además de esta actuación se ofrecieron recitales en la Chiesa Nuova, en el Colegio Español de Roma y en la Universidad Pontificia Salesiana.